Fakultas Syariah didirikan sebagai pusat pembelajaran yang memberikan kualitas pendidikan unggul dalam disiplin hukum Islam, syariah, fikih dan studi Islam. Di bawah pengawasan dosen yang berkualitas, Fakultas Syariah memberikan lingkungan akademik yang baik dimana mahasiswa dapat mengeksplorasi keilmuan hukum Islam secara komprehensif yang berorientasi pada penelitian dan pengabdian masyarakat.

Fakultas Syariah memiliki dua Program Studi meliputi:

1. Perbankan Syariah
2. Zakat dan Wakaf

Program studi Perbankan Syari’ah (PS) merupakan program studi yang didirikan sebagai jawaban atas problem masyarakat di bidang sosial ekonomi. Secara akademik prodi PS memiliki fungsi sebagai pusat pengembangan keilmuan perbankan syari’ah sehingga diharapkan mampu menghasilkan konsep-konsep penting bagi dunia perbankan sekaligus melakukan upaya-upaya teoretisasi keilmuan ekonomi syari’ah yang hingga saat ini masih dalam proses.

Secara strategis prodi PS diharapkan mampu menjawab kebutuhan akan minimnya tenaga-tenaga professional di bidang perbankan syari’ah yang tidak hanya memiliki skill praktis saja, tetapi juga memiliki pemahaman komprehensif dan mendalam tentang prinsip-prinsip syari’ah di bidang ekonomi.

Program Studi Zakat dan Wakaf (ZAWA) didirikan dalam rangka menyelenggarakan pendidikan dan penelitian terkait manajemen Zakat dan Wakaf dengan mengintegrasikan riset dan nilai-nilai pesantren. Dengan dibekali riset pengembangan dalam bidang manajemen Zakat dan Wakaf diharapkan menghasilkan lulusan Sarjana Ekonomi Islam dengan keahlian khusus dalam bidang manajemen Zakat dan Wakaf .

Tujuan Prodi ZAWA

• Menghasilkan Sarjana Ekonomi Islam dengan keahlian khusus dalam manajemen Zakat dan Wakaf.
• Menghasilkan penelitian, pubikasi dan inovasi di bidang manajemen Zakat dan Wakaf.
• Menjadi pusat pengembangan dan penguatan sumber daya manusia dalam bidang manajemen Zakat dan Wakaf.
• Terwujudnya kemandirian, transparansi dan profesionalisme dalam pengelolaan program studi.
• Terjujudnya kerjasama dalam pendidikan, penelitian dan pengembangan manajemen Zakat dan Wakaf dengan berbagai institusi dari dalam dan luar negeri.

Terwujudnya  Fakultas Dakwah dan Pengembangan Masyarakat IPMAFA sebagai pendidikan tinggi dalam bidang dakwah, pemberdayaan masyarakat, dan komunikasi yang unggul  dan kompetitif dengan mengintegrasikan seni dengan nilai-nilai pesantren di tahun 2025.

Fakultas Dakwah dan Pengembangan Masyarakat memiliki dua Program Studi:

1. Pengembangan Masyarakat Islam
2. Komunikasi dan Penyiaran Islam

Program studi Pengmbangan Masyarakat Islam (PMI) IPMAFA ini berdiri dengan bebera latarbelakang yaitu:

• Pertama: bahwa Islam merupakan agama yang “rahmatan lilalamin” dan kaum muslim harus memiliki strategi untuk mewujudkan konsep tersebut.
• Kedua, teori-teori pengembangan masyarkat (community development) dapat dijadikan media untuk merancang perubahan sosial yang bertujuan meningkatkan kesejahteraan masayarakat Muslim.
• Ketiga, kelompok masyarakat muslim santri telah terdidik dan akrab dengan nilai-nilai keikhlasan –sebuah nilai penting dalam pekerjaan sosial.
• Keempat Mereka merupakan resources pekerja sosial yang mengalami pertumbuhan luar biasa pada level internasional dan menjadi agama yang semakin penting. Di 48 negara jumlah Muslim adalah mayoritas, sementara di negara sisanya posisi muslim semakin penting.
• Kelima, Lembaga Swadaya Masyarakat (LSM) Non governmental organization (NGO) merupakan salah satu “jalan baru Islam” yang mendapat tempat di kalangan muslim Indonesia.

Diharapkan dari Prodi Pengembangan Masyarakat Islam, mahasiswa lulusannya menguasai pendidikan dan pengajaran di bidang pengembangan masyarakat secara terpadu, profesional dan mandiri. Selain itu, mahasiswa dapat leluasa melaksanakan riset bidang pengembangan masyarakat, sekaligus melaksanakan pemberdayaan masyarakat.

Prodi KPI merupakan salah satu prodi di Institut Pesantren Mathali’ul Falah (Ipmafa) Pati yang secara khusus melakukan pengkajian, penelitian dan pengembangan ilmu dan keterampilan di bidang komunikasi dan teknologi penyiaran melalui media massa untuk kepentingan penyiaran Islam ke tengah masyarakat secara luas khususnya di wilayah Kabupaten Pati Jawa Tengah. Prodi KPI membina mahasiswa dengan ilmu keislaman dan komunikasi penyiaran (broadcasting), baik melalui media cetak maupun elektronik.

Fakultas Tarbiyah IPMAFA didirikan sebagai pusat pembelajaran yang memberikan kualitas pendidikan unggul dalam disiplin pendidikan, pembelajaran Bahasa Arab, pendidikan anak usia dini, pendidikan guru madrasah ibtidaiyah dan sekolah dasar. Dalam operasionalnya, Fakultas Tarbiyahmemiliki tiga Program Studi meliputi:

1. Pendidikan Bahasa Arab
2. Pendidikan Guru Raudhatul Athfal
3. Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah

Pendidikan Bahasa Arab (PBA) pada IPMAFA merupakan program  studi yang secara khusus dimaksudkan untuk mengembangkan keilmuan kependidikan bahasa Arab. Lulusan PBA diharapkan dapat memenuhi kebutuhan pada tersedianya pendidikan bahasa Arab yang professional.

Program Studi Pendidikan Raudatul Athfal (PGRA) merupakan program studi yang dirancang untuk mencetak calon guru / pengajar profesional pada lembaga-lembaga pendidikan Anak Usia Dini meliputi PAUD, TK, KB, dan TPA. Selain itu, program ini juga memberikan kemampaun manajerial bagi mahasiswanya dalam mengelola lembaga Pendidikan Anak Usia Dini secara profesional.

Program studi PGMI disiapkan untuk mendidik calon guru pada tingkat Dasar (SD/MI). Tujuan umum dari Program Studi Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah IPMAFA adalah untuk menghasilkan prospek berikut:

1. Pendidik yang kompeten di MI
2. Peneliti bidang pendidikan dasar Islam
3. Pembina insan Shaleh Akram
4. Konsultan lembaga pendidikan dasar Islam
5. Konselor anak usia MI
6. Entrepreneur bidang pendidikan dasar