IPMAFA berdiri pada tahun 2008 dengan nama Sekolah Tinggi Agama Islam Mathali’ul Falah (STAIMAFA) dan membuka empat program studi jenjang S1. Kemudian pada 25 September 2015 STAIMAFA beralih status menjadi institut dengan nama Institut Pesantren Mathali’ul Falah (IPMAFA). IPMAFA menjadi perguruan tinggi alternatif bagi calon mahasiswa yang ingin melanjutkan studi di bangku kuliah jenjang S1. Adapun program akademik yang dibuka sbb:

Fakultas & Program Studi

Ada tiga fakultas dan tujuh prodi di Ipmafa sebagai berikut:

1. Fakultas Syariah:
   • Perbankan Syariah dan Ekonomi Islam
   • Manajemen Zakat dan Wakaf
2. Fakultas Dakwah
   • Pengembangan Masyarakat Islam
   • Komunikasi dan Penyiaran Islam,
3. Fakultas Tarbiyah:
   • Pendidikan Bahasa Arab
   • Pendidikan Islam Anak Usia Dini
   • Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah