Institut Pesantren Mathali’ul Falah (IPMAFA) adalah perguruan tinggi yang didirikan oleh Yayasan Nurussalam Kajen yang sebelumnya bernama Sekolah Tinggi Agama Islam Mathali’ul Falah (STAIMAFA). Perubahan status tersebut sesuai Keputusan Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor 5492 Tahun 2015 tentang Izin Perubahan Bentuk Sekolah Tinggi Agama Islam Mathaliíul Falah menjadi Institut Pesantren Mathaliíul Falah, pada 25 September 2015.

IPMAFA lahir sebagai kelanjutan dari unit pedidikan dasar dan menengah yang hampir satu abad dikelola oleh Perguruan Islam Mathali’ul Falah (PIM). Lahirnya IPMAFA melalui proses panjang dan pergulatan pemikiran selama hampir dua dasawarsa. Berawal dari ”kegelisahan” para pendiri PIM yang merasa bahwa untuk melahirkan sumber daya manusia yang memiliki kedalaman keilmuan agama dan moral sekaligus kompetitif dalam menjawab perkembangan zaman, tidak cukup hanya dengan memberikan keilmuan bekal kepada peseta didik sampai pada tingkat ’aliyah (SLTA). Oleh karena itu, para pendiri berinisiatif menggagas sistem pendidikan lanjutan bagi para lulusan PIM dengan membuka program Pasca ’Aliyah. Akan tetapi ternyata program tersebut dirasakan masih belum memberikan jawaban atas kegelisahan tersebut.

Berdasarkan kajian yang mendalam dan masukan dari berbagai pihak, akhirnya disepakati pilihan bulat untuk mendirikan perguruan tinggi STAIMAFA dan secara resmi beroperasi sejak tanggal 4 September 2008, berdasarkan berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor: Dj. I/302/2008 untuk program Sarjana Strata 1 (S1). Sedangkan ijin operasional program studi Perbankan Syari’ah berdasarkan keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor : Dj. I/303/2008 tanggal 4 September 2009.

Berdasarkan SK tersebut, STAIMAFA membuka tiga Jurusan/ Program Studi, yaitu : Tarbiyah/ Pendidikan Bahasa Arab (PBA), Syari’ah/ Perbankan Syari’ah (PS) dan Dakwah / Pengembangan Msyarakat Islam (PMI). Ketiga Jurusan/ Program Studi tersebut merupakan pendidikan jenjang Strata Satu (S1) program reguler.

Kemudian pada tanggal 25 September 2015 Staimafa resmi alih status dari STAI menjadi Institut Pesantren Mathali’ul Falah sekaligus membuka tiga Program Studi (prodi) baru meliputi Pendidikan Islam Anak Usia Dini (PIAUD), Pendidikan Guru Madrasah Ibtidaiyah (PGMI), Komunikasi dan Penyiaran Islam (KPI) dan prodi Zakat dan Wakaf (ZAWA).