Prodi Perbankan Syari’ah Sekolah Tinggi Agama Islam Mathali’ul Falah didirikan pada tanggal 4 September 2008, berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Islam Kementerian Agama RI Nomor: Dj. I/302/2008 untuk program Sarjana Strata 1 (S1). Sedangkan ijin operasional program studi Perbankan Syari’ah berdasarkan keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor : Dj. I/303/2008 tanggal 4 September 2009, dengan pejabat penandatangan SK  Mohammad Ali.

Dibukanya prodi Perbankan Syari’ah dilandasi oleh beberapa pemikiran, antara lain; Pertama, adanya kenyataan bahwa wilayah Pati Utara merupakan salah satu sentra perekonomian masyarakat padat karya ditandai dengan banyaknya usaha ekonomi berskala kecil hingga menengah yang dikelola oleh masyarakat. Salah satu kendala yang seringkali dihadapi mereka adalah masalah permodalan, dimana mereka sulit mendapatkan akses modal dari perbankan. Kedua, menjamurnyalembaga jasa keuangan konvensional berbasis bunga yang menawarkan jasa peminjaman modal tetapi kenyataannya justru menambah beban biaya produksi (cost of production). Ketiga, mayoritas masyarakat Pati beragama Islam  dan meyakini bunga sebagai representasi riba yang diharamkan. Keempat, adanya tuntutan global bahwa sekalipun sejak tahun 90-an di Indonesia sudah berkembang secara masif lembaga keuangan (bank/non bank) yang beropreasi dengan sistem syari’ah, tetapi masih terdapat beberapa kelemahan, seperti minimnya sumbar daya insani yang memiliki skill praktis memadai sekaligus kedalaman keilmuan syari’ah, serta lemahnya pemahaman masyarakat akan keberadaan dan sistem perbankan syari’ah.

Berdasarkan pertimbangan-pertimbangan di atas, prodi Perbankan Syari’ah didirikan sebagai jawaban atas berbagai tantangan sekaligus menjawab setiap peluang yang ada, khususnya peluang pengembangan ekonomi syari’ah di Indonesia.

Sebagai upaya merealisasikan kompetensi yang telah ditetapkan, prodi Perbankan Syar’ah merumuskan visi, misi, tujuan dan sasaran sebagai berikut:

a. Visi

“Menjadi pusat pendidikan dan riset di bidang perbankan syariah berbasis nilai pesantren pada tahun 2025″

b.  Misi

1. Melaksanakan pendidikan dan pengajaran perbankan syariah secara profesional, integral dan efektif.
2. Melaksanakan dan mengembangkan kajian serta riset transformatif di bidang perbankan syariah.
3. Meningkatkan kompetensi praktisi di bidang perbankan syariah dalam rangka memenuhi kebutuhan tenaga terampil di bidang perbankan syariah yang memiliki kemampuan komprehensif.
4. Menjadi prodi rujukan dalam hal tatakelola yang baik bagi prodi perbankan syariah di lingkungan PTAIS se-Jawa Tengah pada tahun 2025.
5. Menjalin kerjasama secara produktif dengan berbagai lembaga yang relevan di tingkat lokal, nasional dan internasional dalam rangka pengembangan perbankan syariah di wilayah Jawa Tengah.

c.  Tujuan

1. Menghasilkan sarjana sholih-akrom yang mempunyai kemampuan akademik dan profesional dalam Lembaga Keuangan Syari’ah Mikro (LKSM), serta berjiwa wirausaha (enterpreneurship).
2. Menghasilkan pemikiran baru dan riset-riset terapan yang diperlukan bagi pengembangan perbankan syariah di wilayah Jawa Tengah.
3. Menghasilkan sumber daya manusia profesional dan kompetitif sesuai dengan tuntutan dunia kerja di perbankan syariah.
4. Merealisasikan Prodi Perbankan Syariah sebagai lembaga pendidikan yang mandiri, transparan dan profesional.
5. Mewujudkan jejariang kerjasama lokal, nasional dan internasional dalam rangka memantapkan peran prodi Perbankan Syariah dalam merumuskan desain konseptual Perbankan Syariah di Jawa Tengah.

d.       Sasaran

Menghasilkan output yang kompeten di bidang perbankan syariah dengan dibekali kemampuan skill yang memadai, wawasan yang luas dan keahlian riset serta memiliki standar moral yang tinggi (akhlaqul karimah) berdasarkan nilai-nilai luhur pesantren, untuk memenuhi kebutuhan tenaga praktisi dan akademisi dengan keunggulan yang komprehensif.